Сюжет
Действие фильма происходит в 1566—1569 гг., в разгар Опричнины и Ливонской войны. Фильм начинается с момента, когда Русская Православная Церковь после ухода Афанасия остаётся без митрополита, и Иван IV призывает к себе друга детства, игумена Соловецкого монастыря Филиппа Колычёва (в фильме эта фамилия произносится как Ко́лычев). Фильм разбит на четыре части.

1. Молитва царя. Царь молится в своей келье и просит Господа помочь ему в его делах. Тем временем в Москву едет игумен Филипп, и по дороге спасает девочку Машу, убежавшую от опричников (замучивших её отца). Встретив приехавшего игумена, Царь предлагает ему стать митрополитом Московским, но тот сначала отказывается. Игумен встречает в городе своего племянника Колычева, который уезжает на войну и советует игумену бежать подальше от Царя, поскольку выжить рядом с ним он не сможет. Царь снова приходит к Филиппу, дарит Маше икону Богородицы и всё-таки уговаривает Филиппа стать митрополитом. Филипп, видя творимые опричниками ужасы, пытается убедить Царя не быть столь жестоким и проявлять милость к врагам.

2. Война царя. Племянник игумена участвует в кровопролитном бою с поляками и литвинами под Полоцком. Там же оказывается Маша, сбежавшая от Царя с иконой. Благодаря иконе мост с литовской конницей рушится. Полоцкие воеводы возвращаются в Москву, однако оказывается, что литовско-польские войска обошли также город с тыла и Полоцк сам открыл им ворота. Город сдан, и Царь в гневе хочет казнить всех воевод. Филипп укрывает их у себя, чем также навлекает гнев Царя. Воевод арестовывают, и Малюта Скуратов ставит им клейма на грудь.

3. Гнев царя. Царь приказывает Филиппу самому вершить суд, и на суде все воеводы признаются в измене. Понимая, что они говорят неправду, Филипп отказывается подписать смертный приговор. Тем временем Царь готовит для воевод казнь: он выпускает их по одному на одну арену с медведем. Убив двух воевод, медведь нападает на Колычева. В этот момент на арену выбегает Маша с иконой и пытается остановить медведя. Тот отстаёт от Колычева, но убивает Машу ударом лапы. Митрополит Филипп, в ужасе от бессмысленной жестокости Царя и видя бесплодность своих попыток убедить Царя отказаться от жестокости, проходит по арене, поднимает икону и уходит. Во время службы в соборе он не даёт благословения Царю, и тот в ярости лишает митрополита сана и заставляет наблюдать казнь его племянника на дыбе. Филиппа навечно ссылают в монастырь, где он находится в кандалах.

4. Веселье царя. Генрих фон Штаден строит «Пыточный городок», куда планируется созвать народ на гуляния и лицезрение пыток осуждённых. Во время осмотра городка царский шут Вассиан цитирует Апокалипсис, сравнивая Марию Темрюковну с вавилонской блудницей, за что Царь сжигает его на костре. Тем временем в монастыре с Филиппа спадают оковы, а сам он получает дар исцеления и предвидения. Он предупреждает братию, что скоро он умрёт и их обвинят в его смерти. Однако и игумен, и почти все монахи остаются с ним. Приезжает Царь, однако Филипп вновь обвиняет его в ужасающей жестокости и отказывает в благословении; по приказу Царя Скуратов убивает Филиппа. Несмотря на приказ Скуратова принести ему труп, монахи отпевают Филиппа в деревянной церкви и запираются в ней; опричники сжигают церковь с находящимися там людьми.

Финал фильма — Царь приходит в Пыточный городок и всю ночь ждёт начала «веселья». Несмотря на приказ явиться, никто не приходит. «Где мой народ?» — вопрошает Царь.